Com reorganização administrativa territorial autárquica levada a efeito com a aplicação da Lei n.º 22/2012 de 30 de Maio, extinguiram-se as anteriores freguesias urbanas (São Sebastião e Santa Maria) dando lugar a uma única freguesia: União das Freguesias de Lagos (São Sebastião e Santa Maria).
Imposta às freguesias pelo governo e contra a vontade de todos os órgãos autárquicos do concelho de Lagos, em 29 de Setembro de 2013, a agregação das duas freguesias extintas acabou por se tornar uma realidade sem retrocesso nos dias de hoje, obrigando a um grande esforço dos órgãos da freguesia com a sua implementação. Em ambas as autarquias fundiram-se os órgãos autárquicos, os recursos, as obrigações, o território, o património, o quadro do pessoal, etc.
A agregação está hoje concluída, contudo verificamos que tudo se fundiu e se centrou numa só Junta de Freguesia, exceto a sua denominação, imposta pelo governo que se mantém.
Os órgãos autárquicos da freguesia, por vários motivos, acharam que para a verdadeira fusão estar concluída, faltaria apenas atribuir um nome próprio à nova Junta de Freguesia criada.
Para o efeito e após terem efetuado uma consulta popular propõem, que a Junta de Freguesia da União das Freguesias de Lagos (São Sebastião e Santa Maria) passe a chamar-se Freguesia São Gonçalo de Lagos, através da proposta, que se publica, aprovada pelo órgão executivo e deliberativo da freguesia.